Pour 2005, la Matrix voit son style rafraîchi par une nouvelle calandre d'allure sportive, un pare-chocs avant redessiné et des feux arrière à lentilles transparentes distinctives.
À l'intérieur, des améliorations comme un nouveau tissu de recouvrement et des commandes remodelées créent une ambiance plus agréable, tandis que de nouveaux pare-soleil coulissants et des glaces à absorption des UV offrent une protection accrue contre le soleil.
L'équipement de série pour l'ensemble de la gamme a reçu des additions, dont un coussin gonflable du passager avant avec indicateur de statut et un immobilisateur de moteur.
Dans le cas de la Matrix 2005 de base à traction avant, l'équipement ajouté a une valeur de 490$, mais le prix du modèle n'a été haussé que de 180 $ pour s'établir à 16 925$.
La Matrix est offerte en trois niveaux de garniture, chacun avec des caractéristiques distinctes au plan de l'utilité et à celui de la performance : Matrix de base, Matrix XR et Matrix XRS à traction avant.
La Matrix est construite en exclusivité à l'usine de Toyota Motor Manufacturing Canada à Cambridge en Ontario, sur la même chaîne de montage que la Corolla, avec laquelle elle partage une plate-forme.
